研究進展

空間轉(zhuǎn)錄組生物組織亞結(jié)構(gòu)解析新工具

日期: 2022-04-29

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精確破譯空間域(組織切片中具有相似基因表達空間模式的特異亞結(jié)構(gòu))是空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)解析中最基本和關(guān)鍵的環(huán)節(jié)。然而,經(jīng)典聚類方法因極易受到技術(shù)噪音的影響,其結(jié)果往往是過度離散的。中科院數(shù)學(xué)與系統(tǒng)科學(xué)研究院研究人員建立了破譯生物組織空間域的新工具STAGATE,該工具引入了圖注意力機制,可以自適應(yīng)學(xué)習(xí)臨近位點間異質(zhì)的相似程度。相比其他方法,STAGATE對組織層次結(jié)構(gòu)的刻畫更精確;還可實現(xiàn)對三維空間域的識別;在對不同測序平臺和分辨率的數(shù)據(jù)分析中,顯示出穩(wěn)健性和通用性。隨著空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的日益推廣和數(shù)據(jù)的不斷積累,STAGATE將對大規(guī)??臻g轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的精確解析提供助力。相關(guān)研究成果發(fā)表在《自然通訊》上。

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